AMPLIFIKASI 0,4 kb DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA DARI SEL EPITEL RONGGA MULUT UNTUK KEPERLUAN FORENSIK

AMPLIFIKASI 0,4 kb DAERAH D-LOOP DNA MITOKONDRIA DARI SEL EPITEL RONGGA MULUT UNTUK KEPERLUAN FORENSIK

AMPLIFICATION OF 0.4 kb D-LOOP REGION OF MITOCHONDRIAL

DNA FROM EPHITELIUM CELL FOR FORENSIC ANALYSIS

ABSTRACT

Yeni W. Hartati, Iman P. Maksum

Jurusan Kimia, FMIPA, Universitas Padjadjaran

Jl. Raya Jatinangor Sumedang

ABSTRAK

DNA mitokondria (mtDNA) manusia mudah mengalami mutasi sehingga mempunyai laju polimorfisme tinggi. Daerah genom mitokondria manusia yang mempunyai polimorfisme tertinggi adalah D-loop, yaitu daerah non penyandi. Sifat khas lain mtDNA adalah pola pewarisan melalui garis ibu tanpa mengalami rekombinasi dengan mtDNA ayah. Karakteristik-karakteristik ini dapat digunakan untuk menentukan identitas seseorang dalam keperluan analisis forensik terutama untuk sampel referensi dari keluarganya yang segaris keturunan ibu.. Penelitian ini telah berhasil mengamplifikasi 0,4 kb daerah D-loop mtDNA manusia dari sel epitel rongga mulut dengan metode mouth scrap hasil modifikasi metode Maniatis. Sampel mtDNA diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer M1/M2. Elektroforesis Fragmen PCR 0,4 kb dilakukan dengan penghantar arus pada tegangan 75 volt selama 45 menit serta digunakan pUC19/HinfI sebagai marker. Hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai metode alternatif yang paling mudah dan cepat untuk keperluan forensik dalam tahap lisis sel dan amplifikasi DNA, sebelum tahap penentuan urutan DNA.

Kata kunci: mtDNA, polimorfisme, D-loop, metode mouth scrap, PCR, forensik.

ABSTRACT

Human mitochondrial DNA (mtDNA) is highly polymorphic due to its high mutation rate. D-loop as non coding region of human mitochondrial genome posses highest polymorphism. Another spesific characteristic of mtDNA is maternally inherited without recombination with paternal mtDNA. These characteristics can be used to confirm individual identity for forensic analysis especially for reference sample analysis from maternal lineage family. The result isolation of DNA from ephitelium cell with mouth scrap method. D-loop region of each mtDNA was amplified by PCR technique using M1/M2 primers. Electrophoretic of 0.4 kb PCR fragment was done on 75 Volt and for 45 minutes, and was used pUC19/HinfI as marker. This result can be used as an alternative methode that easiest and fastest for forensic analysis in cell lysis and DNA amplification steps, before sequencing of the DNA.

Key words: mtDNA, polymorphism, D-loop region, mouth scrap method, PCR, forensic.

PENDAHULUAN

Anderson et al., (1981) telah berhasil menemukan urutan genom DNA mitokondria (mtDNA) manusia secara lengkap dengan urutan 16.569 pb yang tersusun dalam bentuk sirkuler. Penemuan Anderson ini selanjutnya menjadi rujukan standar dalam berbagai studi genetika molekul terutama yang berkaitan dengan polimorfisme mtDNA manusia (untuk keperluan analisis forensik dan antropologi) dan aspek-aspek penyakit genetika yang berkaitan dengan mutasi gen mtDNA.

Ada tiga karakteristik mtDNA yang dapat dijadikan alat yang signifikan untuk keperluan analisis forensik. Pertama, mtDNA mempunyai copy number yang tinggi, meskipun di dalam sel yang tidak mengandung inti [Robin and Wong, 1988]. Jumlah copy per sel yaitu sekitar 1000-10.000 sehingga mtDNA dapat digunakan untuk analisis sampel dengan jumlah DNA yang sangat terbatas, atau DNA yang mudah terdegradasi, apabila analisis DNA inti tidak dapat dilakukan [Moore and Isenberg, 1999]. Kedua, mtDNA manusia diturunkan secara maternal sehingga setiap individu pada garis keturunan ibu yang sama akan mempunyai tipe mtDNA yang identik. Karakteristik mtDNA ini sangat berguna untuk penyelidikan kasus orang hilang atau menentukan identitas seseorang dengan membandingkan mtDNA korban terhadap mtDNA saudaranya yang segaris keturunan ibu [Moore and Isenberg]. Ketiga, mtDNA mempunyai laju polimorfisme yang tinggi dengan laju evolusinya sekitar 5-10 kali lebih cepat dari DNA inti. D-loop merupakan daerah yang mempunyai tingkat polimorfisme tertinggi dalam mtDNA dimana terdapat dua daerah hipervariabel dengan tingkat variasi terbesar antara individu-individu yang tidak mempunyai hubungan kekerabatan. Karena itu, dalam penentuan identitas seseorang atau studi forensic dapat dilakukan hanya dengan menggunakan daerah D-loop mtDNA saja [Orrego and King, 1990].

DOWNLOAD FULL PAGE : KLIK HERE  

MAU BELI BUKU TENTANG DNA..???? KLIK GAMBAR DIBAWAH INI..!!!